A hegység erdeinek jelentős része természetes erdő. A mérsékelt égövi hegyvidékekre általában jellemző, egymás fölött elhelyezkedő tölgy-bükk-fenyő régió a Börzsönyben sajátosan alakul. A Dél-Börzsöny teljes egészében a tölgy régióban fekszik. A déli kitettségű oldalakon melegkedvelő tölgyesek helyezkednek el mediterrán jellegű aljnövényzettel. A Dunára hajló igen meredek részeken - főleg a Szent Mihály-hegy környékén - jellegzetes molyhos tölgyes-virágos kőrises andezit karsztbokorerdők állnak, helyenként sziklagyepekkel váltakozva. A térségben a bükkösök csak kisebb foltokban, az északi oldalak kedvező mezoklimatikus viszonyai között találhatók. A Magas-Börzsönyben szinte a hegylábtól kezdődően gyertyános tölgyesek állnak, melyek a déli oldalakon 700 m-ig is felhúzódhatnak. E területek melegebb részein a cseresek is megtalálják életfeltételeiket. A magasabb, éghajlatilag már hűvösebb részek főbb erdőalkotója a bükk. A párás völgyek északi oldalain a hegylábig is lehúzódik. Érdemes megemlíteni, hogy a magnóliával, a babérfával, a ciprussal és a fenyővel a bükk (Fagus silvatica) már a jégkorszak előtt is őshonos volt a Börzsönyben, de később csak ez maradt fenn természetes növénytakaróként. A gyertyán több-kevesebb elegyaránnyal csaknem mindenütt előfordul.
Az erős napsütésnek, a szelek szárító hatásának kitett, sekély termőrétegű hegycsúcsokon a bükk régió helyett a szárazságot jobban tűrő kőris-, hársfajokból álló erdőket találunk. A szurdokszerű részeken helyenként juharok díszlenek. A nedves patakpartokat az alacsonyabb részeken égeresek kísérik.
A tölgyesek gazdagabb, bükkösök általában gyér cserjeszinttel rendelkeznek. Ősszel a hegység valóban megfelel a nevének. A bükkösök, tölgyesek cseresek börzsöny színárnyalatait a madárcseresznye, vadkörte pirosa, a korai juhar, rezgő nyár sárgája élénkíti. Fenyő viszonylag kevés van a területen. A mesterségesen telepített kisebb luc és erdeifenyő foltok mellett jó fejlődést tanúsító, helyenként természetes úton is újuló vörös-fenyő országos méretben is figyelemreméltó értéket képvisel.

A hegység lágyszárú növényzete - sajátos földrajzi elhelyezkedésének, szaggatott felszínének, éghajlati tulajdonságának köszönhetően - meglehetősen változatos. A Magas-Börzsöny az északi-középhegységi flóravidék nógrádi flórajárásába, mig a Dél-Börzsöny a hegység déli részén áthúzódó flóraválasztó következtében a Dunántúli-középhegység visegrádi flórajárásába tartozik. E növényföldrajzi kettősségét, összetettségét mutatja, hogy több atlanti és szubmediterrán faj (pézsmahagyma, sziklai sás stb.) itt éri el elterjedésének északi határát, ugyanakkor több pontusi kelet balkáni, kontinentális elem (pirosló hunyor, szirti gyöngyvessző stb.) nem terjed tovább nyugat felé. Kárpáti endémikus növényfaja pl. a moldvai sisakvirág, míg a dealpin borealis fajai közül a karcsú sisakvirágot, havasalji rózsát, vagy a sugárkankalint említhetjük meg. Lágyszárú növényfajait nem is lehet felsorolni, hiszen ezernyi faj él a területen.

Az avar között megbúvó ehető és mérges gombák éppúgy hozzátartoznak erdeinkhez, mint az árnyas völgyhajlatok mohái és páfrányai, patakpartokon a sárga virágú mocsári gólyahír, a kőrisek hóvirágja és keltikéi, az árnyas bükkösök halványlila hagyományos fogasírje, a fehér virágú szagosmüge, a bükksás, vagy a tölgyesek tavaszi lednekje, ligeti perjéje. A vágásterületeken gyakran tömegével található, szomjat oltó erdei szamóca éppoly természetes, mint az erdőszéli fákra felfutó iszalag. A többféle kék harangvirág, a fehér szirmú margitvirág, a piros szegfűfélék, a lilás enyvecske, a sárga boglárkák egyetlen nagy virágcsokorrá változtatják az erdővel körülölelt réteket, kisebb tisztásokat, vagy akár az útszéleket. Lágyszárú növényeink közül számos az országosan védett fajok listáján szerepel (kosborok minden faja, csaknem minden nősziromfaj, a tárnics és a tárnicska összes hazai faja, a fekete és leánykökörcsin, sugárkankalin, palástfű, stb.). Némelyik védett fajból több ezernyi szál díszlik a területen (tavaszi hérics), míg másokból csak egy-egy szálról vagy pár négyzetméternyi borításról vannak ismereteink (északi szirti páfrány, gímpáfrány, alhavasi varázslófű, stb.). Különösen a vízparti, illetve a sziklagyepek sérülékenyebb növényzete veszélyeztetett.

Alig van lehangolóbb látvány az út szélére vetett, hervadt virágcsokornál. Maradandóbb lencsevégre kapni a tavaszi, a nyári rét, vagy útszél színes kavalkádját... A növényvilág változatossága egyben az állatvilág - fajban és egyedszámban való - gazdagságát is jelzi. A gyepterületek, a vizek és vízpartok, a bokrosok, a zárt erdőállományok más és más állatfajnak jelentenek búvóhelyet, fészkelő és petéző helyet, vagy egyszerűen táplálékot. Más fajok élnek a fiatalosokban és mások az idős, kiritkuló erdőkben. Az egyik madárfaj a magas fák koronájába, a másik az alacsony cserjések ágai közé, vagy nélkül - jól beosztva a területet, egyensúlyt teremt. Az ízeltlábúak közül a tiszta vizű hegyi patakokban többek között a kövi rák él. Fontos indikátorfaj, a legkisebb szennyeződéstől is elpusztul. Száma sajnos fogyóban van. A bokros fiatalosokban az imádkozó sáskát (más néven "ájtatos manót") figyelhetjük meg. Öreg bükkösökben a szürkéskék színekben pompázó havasi cincér él. Idős tölgyesek lakója a szarvasbogár. Kétéltűek és hüllők is nagy számban találhatók a Börzsönyben. Abarna színű erdei és gyepi békával akárhol találkozhatunk, kétméteres ugrásokkal menekülnek az ember elöl. Sokkal lomhább mozgású a zöld és a barna varangy, ezek inkább a nyirkos, mohos helyeket kedvelik. Ugyanitt található a fekete alapon sárga foltokkal díszített szalamandra. Bőrváladéka szemgyulladást okozhat, ezért lehetőleg ne nyúljunk hozzá.

Napsütötte helyeken a fürge gyík és a zöld gyík él. Sokan kígyónak hiszik a sárgás - nászruhás időszakban kékkel díszített - lábatlan gyíkot. Sokan borzadnak az esetenként előttük átcsúszó erdei és vízi siklótól, pedig nyelvöltögetésük és sziszegésük ellenére ártalmatlan jószágok. Több híreszteléssel ellentétben vipera nem él a Börzsönyben! Jobb ha tudjuk, Magyarországon minden hüllő és kétéltű védett. A Börzsöny változatossága, ugyanakkor zártsága és viszonylagos érintetlensége igen jelentős a madárvilág szempontjából. Igen nagy számú, 200 madárfaj él a hegységben. Ezek egy része (úgy 120 faj) költ is a területen, míg mások csak átvonulnak, vagy egyszer-egyszer csak erre kóborolnak a légtérben. A hegycsúcsok között méltóságteljesen köröző egerészölyv szinte a tájképhez tartozik, vijjogása része az erdőnek. Persze korántsem egyedüli görbecsőrű ragadozó madár, csak a többivel ritkábban találkozhatunk. Így a galambászhéjával, kányával, karvallyal, darázsölyvvel, kígyászölyvvel, a sólymok közül a kabasólyommal, kerecsensólyommal, vándorsólyommal. Ez utóbbiak bizony eléggé ritkák. Ezeknél is értékesebb az európai szinten is már veszélyeztetett állapotban lévő -a többiekhez képest jóval nagyobb szárnyterpesztésű - parlagi sas, vagy az esetenként csak átvonuló szirti sas.

Az utóbbi években örvendetesen elszaporodtak a hollók, korrogó kiáltásukat kilométerekről észlelhetjük. Öreg bükkösökben a kék galamb, tölgyesekben az örvös galamb, a fiatalabb erdőkben a vadgerle búgását hallhatjuk. A harkályok közül az egymástól nehezen megkülönböztethető fakopáncsok, a jóval ritkább nagyobb testű fekete harkály, a zöld és szürke küllő is itt él a hegységben. Nagyobb patakok mellett már csak igen ritka a víz alatt vadászó vízirigó míg a türkizkék színben pompázó jégmadárral, a sárga-fekete-szürke hegyi billegetővel gyakrabban találkozhatunk. Erdőszéleken, ritkás erdőben, bokros területen a fülemüle, citromsármány, vörösbegy, füzikék, poszáták, ökörszem, vagy erdei pacsirta látványában és énekében gyönyörködhetünk. Az odúlakók inkább a szálerdőket kedvelik. Így a széncinege és a kékcinege, a csúszka, a fakúsz, a seregély és a légykapó. A pintyfélék több mint tíz faja él a Börzsönyben. Ha nyitott füllel járunk az esti szürkületben a rigók pihenő előtti éneke után bizony sokkal kevésbé dallamosan tudatják jelenlétüket az éjszaka vadászó bagolyfélék.

Persze más állatfajok is élnek a területen. Érdemes csendben közlekedni az ázott avarú erdei ösvényeken. Esetleg megpillant-hatjuk a fák között eltűnő gímszarvasokat, a kecsesen szökkenő őzeket. Kora hajnalban vagy késő este vaddisznó is keresztezheti utunkat. A ragadozó állatokkal rejtőző életmódjuk és óvatosságuk miatt ritkán találkozhatunk, de a hóban látható nyomaikból ítélve nem ritka a róka, borz, vadmacska és a nyest sem. A kisemlősök közül a mókus, pelefajok számtalan pocok- és egérfaj, sündisznó, cickányfajok, denevérfajok színesítik az állatvilág palettáját. Túráinkra, kirándulásainkra érdemes távcsövet vinni magunkkal.